የሞለኪውላር ጨረር ኤፒታክሲ የተከናወነው በከፍተኛ ቫክዩም ወይም እጅግ በጣም ከፍተኛ በሆነ ቫክዩም (1 x 10) ውስጥ ነው^-8ፓ) አካባቢ። የሞለኪውላር ጨረር ኤፒታክሲ በጣም አስፈላጊው ገጽታ ዝቅተኛ የመቀመጫ ፍጥነት ሲሆን ይህም ብዙውን ጊዜ ፊልሙ በሰዓት ከ 3000 nm ባነሰ ፍጥነት እንዲያድግ ያስችለዋል። እንዲህ ዓይነቱ ዝቅተኛ የመቀመጫ መጠን ከሌሎች የመቀመጫ ዘዴዎች ጋር ተመሳሳይ የሆነ የንፅህና ደረጃ ለማግኘት በቂ የሆነ ከፍተኛ ክፍተት ይፈልጋል።

ከላይ የተገለጸውን እጅግ ከፍተኛ የሆነ የቫክዩም መጠን ለማሟላት፣ የኤምቢኢ መሳሪያ (ክኑድሰን ሴል) የማቀዝቀዣ ንብርብር አለው፣ እና የእድገት ክፍሉ እጅግ ከፍተኛ የሆነ የቫክዩም መጠን በፈሳሽ ናይትሮጅን ዝውውር ስርዓት በመጠቀም መጠበቅ አለበት። ፈሳሽ ናይትሮጅን የመሳሪያውን ውስጣዊ ሙቀት ወደ 77 ኬልቪን (−196 °C) ያቀዘቅዘዋል። ዝቅተኛ የሙቀት መጠን ያለው አካባቢ በቫክዩም ውስጥ ያለውን የቆሻሻ ይዘት የበለጠ ሊቀንስ እና ቀጭን ፊልሞችን ለማስቀመጥ የተሻሉ ሁኔታዎችን ሊያቀርብ ይችላል። ስለዚህ፣ የኤምቢኢ መሳሪያዎች ቀጣይነት ያለው እና የማያቋርጥ የ -196 °C ፈሳሽ ናይትሮጅን አቅርቦት ለማቅረብ የተወሰነ የፈሳሽ ናይትሮጅን ማቀዝቀዣ ዝውውር ስርዓት ያስፈልጋል።